尖锐湿疣极易发生在温暖潮湿、皮肤较细嫩、多摩擦的部位及黏膜部位。男性多发部位在冠状沟、龟头、包皮、包皮系带两侧、尿道口，也可见于阴茎体和阴囊；女性多发部位在阴唇系带、大阴唇、小阴唇、尿道口、阴蒂及阴道壁、宫颈等处，也可见于腋窝、乳房下、脐部等。同性恋者常见于肛周、直肠；口交者常见于口腔内。尿道尖锐湿疣并不少见，多是粉红色，可延至尿道深处。膀胱内尖锐湿疣是由尿道内口尖锐湿疣蔓延所致，比较少见。
尖锐湿疣的显著特点是患处多无不适感觉，少数有瘙痒及局部压迫感，无疼痛。患者多以发现皮肤或黏膜局部的赘生物即疣体而就诊。尿道的尖锐湿疣可导致尿流变形或尿流细，可有出血或出现分泌物。阴道或子宫颈的尖锐湿疣损害可表现为白带增多，性交出血等。肛门及直肠的尖锐湿疣可感觉疼痛及里急后重。巨大尖锐湿疣可能影响功能和运动。疣体不及时去除，会继续生长，由于血液循环不良而破溃及并发细菌感染，可发生恶臭。
