未经治疗的尖锐湿疣可自行消退、增大或保持不变，约有10﹪~30﹪的损害在3个月内消退。大多数感染为暂时性，特别是年龄小于30岁者，只有少数患者的感染可持续2年以上。约有70﹪的人类乳头瘤病毒感染在1年内消退，2年与5年的清除率分别为91﹪和92﹪。尖锐湿疣的演变有六种情况：早期消退、持续存在、从临床上可查到的病损到不能查到的病损、病情进一步发展、后期消退和复发。
复发
经治疗后可见的损害全部消失至少一个月，在排除了再感染的情况下，与治疗区或其他部位有出现可见的损害称为复发，3个月内复发者称为早期复发，3个月以上者则称晚期复发。多数患者皮损会多次复发。复发的间隔时间为2个月至23年，常见于治疗后前3个月内，这可能与损害周围未经治疗的亚临床感染有关。
再感染
再感染是指患者临床治愈后又出现新的人类乳头瘤病毒感染，或与新的性伴侣或未治愈的性伴侣发生性行为而导致新的损害发生。再感染的诊断应结合病史和人类乳头瘤病毒型别检测，同型人类乳头瘤病毒感染可能支持复发，而异型人类乳头瘤病毒可能支持再感染。
