尖锐湿疣的诊断主要根据病史，如不洁性交史、配偶感染史及间接接触史等等，对于不典型的患者还要进行必要的实验室检查，方法有以下几种：
1、醋酸白试验
诊断尖锐湿疣最常用的方法，将3%～5%醋酸涂抹在疣体表面，2～5分钟内(肛门处疣体需要15分钟左右)由医生观察结果，阳性表现是病灶部位变白并轻微隆起。本检查的原理是蛋白质与酸凝固变白的结果，HPV感染细胞产生的角蛋白能被醋酸脱色。该法具有较高的敏感性，但特异性不高，存在一定的假阳性，应注意鉴别。
2、组织化学检查
取少量病损组织制成涂片，用特异抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色，如有病毒抗原存在，则会发生抗原抗体反应。此法特异性强且较迅速，对诊断有一定的帮助。
3、病理检查
尖锐湿疣的典型病例表现为表皮乳头瘤样增生伴角化不全，棘层高度肥厚，颗粒层上部细胞空泡形成，真皮浅层毛细血管扩张，周围常有炎性细胞浸润。巨大型尖锐湿疣，表皮极度向下生长，与正常组织界限不清，容易误诊为鳞状细胞癌，应注意多次动态监测。
4、基因诊断
基因诊断具有特异、敏感、简便、快速等优点，为多种疾病的明确诊断开辟了新途径。
